awesome-awesomeness/terminal/openscience8

awesome-open-science
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some links to projects/tools related to "open science". add to this by
forking and pull-requesting.

in a similar vein to
awesome-awesomeness (https://github.com/bayandin/awesome-awesomeness).

computation environments
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-   IPython Notebook (http://ipython.org/notebook.html) (evolving into
**Jupyter** (https://jupyter.org/)): A browser-based notebook with 
support for code, rich text, mathematical expressions, inline plots
and other rich media.                                              
-   Maxima (http://maxima.sourceforge.net): A computer algebra system
developed in Lisp for (symbolic) mathematical computations.
-   Sage Math Cloud (http://cloud.sagemath.com/): Provides Sage,
Python, and other environments for computing on the cloud; also    
provides terminal access and git commands for cloning repositories.

peer-review
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-   Hypothes.is (https://hypothes.is/): Steps towards annotating and
peer-reviewing the Web.

document writing
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-   Authorea (http://authorea.com/): Backed by Pandoc and Git for
collaborative document writing.
-   ShareLaTeX (https://www.sharelatex.com/): Online collaborative
LaTeX editor
-   WriteLaTeX (https://www.writelatex.com/): Online collaborative
LaTeX editor

discovery
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-   Paperscape (http://paperscape.org/)

data management
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-   Academic Torrents (http://academictorrents.com/): Publish large
datasets as torrents.
-   Dat-Data (http://dat-data.com/): Dat is an open source project that
provides a streaming interface between every file format and data
storage backend.                                                 

reproducibility
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-   Code as a Research
Object** (https://www.mozillascience.org/projects/codemeta): Assign a
DOI to your code and make it citable.                                
-   Figshare (http://figshare.com/): Platform for making research
artefacts uploadable and citable.
-   Reproduced papers (http://reproduced-papers.github.io/): Collection
of links to various researchers reproducing particular papers.
-   Zenodo (https://zenodo.org/): Platform to host versions of code
that can be cited; can be linked to GitHub.
-   steps towards reproducible research (http://kbroman.org/steps2rr/):
A tutorial/best practices for making your research reproducible.

project management
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-   GitHub (https://github.com): (Naturally.)
-   Open science framework (http://osf.io/): Collect together various
sources (GitHub, DropBox, etc) into one spot.
-   Trello (https://trello.com/) and
**Libreboard** (http://libreboard.com/) (open source self-hosted  
alternative): Keep track of to-do items in various lists of lists;
keep track of figures, comments, questions, issues, etc.          

organisations
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-   Center for Open Science (http://cos.io/)
-   Mozilla Science Lab (https://www.mozillascience.org/)
-   rOpenScience (http://ropensci.org/)

journals/preprint servers
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-   ArXiv (http://arxiv.org): e-Print archive
-   ECCC (http://eccc.hpi-web.de/): The Electronic Colloquium on
Computational Complexity - new papers in TCS.
-   SciRate (https://scirate.com/): Front for the
**arXiv** (http://arxiv.org/), with voting and comments and accounts.

training/meetups
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-   software carpentry (http://software-carpentry.org/)

community wikis
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-   Complexity Zoo (https://complexityzoo.uwaterloo.ca/Complexity_Zoo):
Definitions of complexity classes in theoreticaly computer science.
-   Mozilla Science Lab Forum (https://forum.mozillascience.org/)
-   nLab (http://ncatlab.org/nlab/): A wiki-lab for collaborative work
on Mathematics, Physics and Philosophy — especially from the n-point
of view: insofar as these subjects are usefully treated with tools  
and notions of category theory or higher category theory.           

books
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-   Opening Science. The Evolving Guide on How the Web is Changing
Research, Collaboration and Scholarly                                 
Publishing** (http://book.openingscience.org/): A CC-BY-NC book on the
backgrounds of, tools, tutorials and best practices for open science  

-   Probabilistic Programming and Bayesian Methods for
Hackers** (http://camdavidsonpilon.github.io/Probabilistic-Programming-and-Bayesian-Methods-for-Hackers/):
an intro to Bayesian methods and probabilistic programming from a                                         
computation/understanding-first, mathematics-second point of view.                                        
Uses python with pyMC for visualizing what's going on.                                                    

operating systems
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-   Debian Science (https://wiki.debian.org/DebianScience): Debian

operating system has many science related packages for different
scientific blends and tastes.                                   

-   Fedora Astronomy
Spin** (https://labs.fedoraproject.org/en/astronomy/): Fedora

Fedora Astronomy brings a complete open source toolchain to both
amateur\                                                        
and professional astronomers.