Update and add index

terminal/openscience

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 awesome-awesomeness (https://github.com/bayandin/awesome-awesomeness).
 
 computation environments
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 -   IPython Notebook (http://ipython.org/notebook.html) (evolving into
 **Jupyter** (https://jupyter.org/)): A browser-based notebook with 
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 provides terminal access and git commands for cloning repositories.
 
 peer-review
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 -   Hypothes.is (https://hypothes.is/): Steps towards annotating and
 peer-reviewing the Web.
 
 document writing
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 -   Authorea (http://authorea.com/): Backed by Pandoc and Git for
 collaborative document writing.
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 LaTeX editor
 
 discovery
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 -   Paperscape (http://paperscape.org/)
 
 data management
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 -   Academic Torrents (http://academictorrents.com/): Publish large
 datasets as torrents.
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 storage backend.                                                 
 
 reproducibility
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 -   Code as a Research
 Object** (https://www.mozillascience.org/projects/codemeta): Assign a
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 A tutorial/best practices for making your research reproducible.
 
 project management
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 -   GitHub (https://github.com): (Naturally.)
 -   Open science framework (http://osf.io/): Collect together various
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 keep track of figures, comments, questions, issues, etc.          
 
 organisations
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 -   Center for Open Science (http://cos.io/)
 -   Mozilla Science Lab (https://www.mozillascience.org/)
 -   rOpenScience (http://ropensci.org/)
 
 journals/preprint servers
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 -   ArXiv (http://arxiv.org): e-Print archive
 -   ECCC (http://eccc.hpi-web.de/): The Electronic Colloquium on
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 **arXiv** (http://arxiv.org/), with voting and comments and accounts.
 
 training/meetups
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 -   software carpentry (http://software-carpentry.org/)
 
 community wikis
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 -   Complexity Zoo (https://complexityzoo.uwaterloo.ca/Complexity_Zoo):
 Definitions of complexity classes in theoreticaly computer science.
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 and notions of category theory or higher category theory.           
 
 books
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 -   Opening Science. The Evolving Guide on How the Web is Changing
 Research, Collaboration and Scholarly                                 
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 Uses python with pyMC for visualizing what's going on.                                                    
 
 operating systems
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 -   Debian Science (https://wiki.debian.org/DebianScience): Debian